Τα λιπάσματα, τα βελτιωτικά εδάφους καθώς και τα γεωργικά φάρμακα και οι μέθοδοι που μπορούν να χρησιμοποιηθούν στην βιολογική γεωργία περιγράφονται στον ΕΚ 889/08 (εφαρμοστικός κανονισμός του 834/07) και ειδικότερα στα παραρτήματα Ι και ΙΙ αντίστοιχα.
Διάφοροι Φορείς πιστοποίησης έχουν αναρτημένους καταλόγους στο διαδίκτυο με τα εγκεκριμένα από αυτούς υλικά (λιπάσματα, φυτοφάρμακα) για χρήση στην βιολογική γεωργία, τα οποία έχουν εγκρίνει με βάση τον παραπάνω Κανονισμό. Πχ BCS OKO KONTROLE.
Επίσης θα πρέπει να εφαρμόζονται ,για την ορθή διάθεση/χρήση των γεωργικών φαρμάκων γενικότερα και όχι μόνον , οι Κανονισμοί ΕΚ 1107/2009 περί διάθεσης και ορθολογικής χρήσης των γεωργικών φαρμάκων, ΕΚ 396/2005 περί ανώτατων ορίων καταλοίπων φυτοφαρμάκων και της Οδηγίας 2009/128 περί του καθορισμού πλαισίου κοινοτικής δράσης με σκοπό την επίτευξη ορθολογικής χρήσης των φυτοφαρμάκων.
